為規范各級稅務機關的責任和權限，提高工作效率，《公告》對稅務機關內部運轉程序予以明確，并提出了完成時限。《公告》第四條規定對備案人提報的資料齊全的，稅務機關要當場在《備案表》上簽字蓋章，并將其中一份《備案表》交備案人留存；不齊全的，不予受理，并一次性告知備案人補正，待補正后再提交。同時，第五條和第六條規定主管稅務機關在受理備案30個工作日內對備案事項進行調查核實、提出處理意見，并將全部備案資料以及處理意見層報省級稅務機關。
同時，《公告》第五條和第六條分別對屬于59號文第（一）項和第（二）項的非居民企業發生股權轉讓適用特殊性稅務處理的程序進行了明確。
�。ㄒ唬┑谖鍡l規定，非居民企業發生股權轉讓屬于59號文第七條第（一）項情形的，直接向主管稅務機關備案即可。
�。ǘ⿲τ诜蔷用衿髽I股權轉讓屬于59號文第七條第（二）項情形的，由于在實際操作中會存在被轉讓企業和受讓方在同一省和不在同一省或分別由國、地稅管轄的情況，《公告》分別進行了明確。
1．受讓方和被轉讓企業在同一省市且同屬國稅或地稅機關管轄的，按照《公告》第五條規定執行。
2．受讓方和被轉讓企業不在同一省市或分別由國、地稅管轄的，為保證稅務處理的一致性，需要受讓方所在地省級稅務機將受理情況以書面方式告知被轉讓企業所在地省級稅務機關，并通過設計使用《非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理告知函》（簡稱《告知函》）規范告知內容。
此外，對59號文第（一）項中“沒有因此造成以后該項股權轉讓所得預提稅負擔變化”做出明確規定，即稅務機關在事后調查核實時，如發現此種股權轉讓情形造成以后該項股權轉讓所得預提稅負擔變化，包括由應征稅的國家或地區轉讓到按稅收協定（含稅收安排）不征稅或低稅率的國家或地區，應不予適用特殊性稅務處理。
四、明確對未分配利潤的處理
在實際操作中，對未分配利潤的處理存在以下問題：一是部分稅務機關在受理非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理備案時，因擔心失去對轉讓前股息所得稅的征稅權，僅僅因為被轉讓企業存在未分配利潤便判定其股權轉讓不具有合理的商業目的而不予備案；二是要求被轉讓企業在股權轉讓前將未分配利潤進行分配并扣繳股息所得稅。同時，各地對未分配利潤的征稅權也存在爭議。這些都需要總局明確，否則既影響非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理的正常備案，也加大了稅務機關的執法風險。
為此，為給非居民企業及時享受特殊性稅務處理提供稅收上的確定性，防范非居民企業利用重組避稅或延遲納稅，《公告》第八條規定：一是對被轉讓企業轉讓前后的未分配利潤進行區分；二是對轉讓方和受讓方不在同一國家（地區）的，被轉讓股權轉讓前的未分配利潤在轉讓后分配的，不享受稅收協定的優惠稅率待遇。例如，某美國企業將其100%控股的中國居民企業的股權轉讓給其100%控股的某香港企業，中國居民企業在被轉讓后分配其轉讓前的未分配利潤給香港企業的，不能享受內地與香港稅收安排對股息所得減按5%的優惠稅率。
第八條還規定，對股權轉讓前的股息所得稅由被轉讓企業履行扣繳義務并到其所在地主管稅務機關申報繳納。
五、其他事項
�。ㄒ唬⿲τ趯嵤⿻r間，根據立法法和總局有關規定，自《公告》發布之日起施行。對實施之前發生的非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理尚未處理的相關事項，可依據本《公告》規定執行。
�。ǘ╆P于698號文的規定。鑒于對非居民股權轉讓適用特殊性稅務處理實行備案制，原698號文第九項規定的由省級稅務機關核準的內容應廢止。故將698號文第九項同時廢止。
